E' disponibile sia per l'uso interno che esterno un server ftp raggiungibile all'indirizzo ftp://ftp.3di.it sia con autenticazione BANCHEDATI che in maniera anonima, le cui directory sono così suddivise:

• 3di è di pubblico accesso in lettura (senza login), e in lettura/scrittura per i soli utenti registrati (con login), si può usare per inviare file ad esterni, cancellazione dopo 30 giorni
• extra contiene software vario presente nel wiki da distribuire agli utenti, è di pubblico accesso in lettura (senza login) e non deve essere modificata
• outgoing serve come deposito temporaneo per i file spediti usando da rete interna 3DI http://wally/upload/ oppure caricati manualmente da utenti registrati (con login), occorre conoscere il nome esatto del file per scaricarlo in modo anonimo (senza login), cancellazione dopo 30 giorni.
• incoming va utilizzata dai soli esterni alla 3DI, senza autenticazione, per il deposito di file; non va invece usata da utenti registrati (con login) altrimenti rende non accessibili i file caricati, cancellazione dopo 30 giorni
• releases contiene i pacchetti di installazione dei software 3DI distribuiti e non deve essere modificata, l'accesso è consentito ai soli utenti registrati
• temp contiene i file temporanei per trasferimenti tra utenti registrati 3DI (necessita login in lettura e in scrittura) , cancellazione dopo 30 giorni
• test contiene file/cartelle di test per trasferimenti tra utenti registrati 3DI (necessita login in lettura e in scrittura) , cancellazione dopo 1 giorno

In generale non è consentito creare sotto-directory su FTP, in quanto i file all'interno non saranno accessibili.