Il plugin lanciato dal browser mediante applet Java è basato su una liberia dinamica (.so) a 32 bit, incompatibile con una JVM a 64 bit. Per ovviare al problema, è possibile utilizzare lo script (messo a disposizione da Mad Scientist) juniperrc, che permette di lanciare la connessione anche da riga di comando, dopo aver specificato i parametri di connessione. Per poter utilizzare correttamente lo script è necessario:

1. disporre sul proprio sistema di un Java Runtime Environment a 32 bit (ne sono reperibili diverse versioni anche su storage);
2. porre la directory bin/ di tale runtime prima delle altre all'interno del PATH (in modo che lo script lo trovi prima del java a 64 bit).

Una volta decompresso il runtime in un percorso a piacere (da qui in poi si assumerà /opt/jre1.7.0_65), lanciare lo script mediante il comando:

PATH=/opt/jre1.7.0_65:$PATH junipernc

Lo script procederà a chiedere a quale host connettersi (specificare il solo nome host invece della URL completa, altrimenti potrebbe non funzionare), quale nome utente utilizzare, qual è il realm di riferimento (solitamente autorilevato correttamente) ed, infine, la password con la quale connettersi. Una volte inserite tutte queste informazioni, si aprirà la finestra dell'applicazione che mostrerà lo stato della connessione. Le impostazioni vengono salvate nel file ~/.vpn.default.cfg