Per fare l'update del wiki, basta seguire i passi successivi.

Fare il backup di /var/www/html/dokuwiki/conf/ specialmente per le estensioni che si trovano in mime.conf

wget https://download.dokuwiki.org/src/dokuwiki/dokuwiki-stable.tgz
tar zxvf dokuwiki-stable.tgz
service apache2 stop 
'cp' -af dokuwiki-xxxx-xx-xx/* /var/www/html/dokuwiki/
cp /opt/conf/mime.conf /var/www/html/dokuwiki/conf
chown -R www-data:www-data /var/www/html/dokuwiki
service apache2 start